BOMDBase-1.0: Baza danych peptydów i białek trzmieli przeznaczona do badań nad zdrowiem pszczół

BOMDBase-1.0 to obszerna baza danych peptydów i białek trzmieli, opracowana w ramach projektu PoshBee (dotacja UE nr 773921). Zawiera ona 1 042 białka z gatunków z rodzaju Bombus, w tym 646 z gatunku Bombus terrestris, pochodzące z próbek hemolimfy analizowanych metodą proteomiki typu „bottom-up” przy użyciu narzędzia Sequest HT w programie Proteome Discoverer 2.5. Baza danych obejmuje 1 353 numery akcesji wraz ze szczegółowymi adnotacjami: gatunek, masa cząsteczkowa, punkt izoelektryczny, symbole genów, identyfikatory Entrez, domeny Pfam oraz terminy GO dotyczące procesów biologicznych, składników komórkowych i funkcji molekularnych. Wśród zidentyfikowanych białek znajdują się zarówno białka hipotetyczne, jak i niecharakteryzowane. W procesie tym zastosowano trawienie trypsyną, tolerancję masy wynoszącą 10 ppm oraz pirolizę i etylację cysteiny, przy wskaźniku fałszywych odkryć (FDR) wynoszącym 1%. Zintegrowano dane z baz NCBI i UniProt. Baza danych wspiera badania nad środkami agrochemicznymi, patogenami oraz czynnikami stresogennymi wpływającymi na zdrowie pszczół. Do kluczowych patogenów należą: wirus zdeformowanych skrzydeł (Deformed wing virus), wirus ostrego paraliżu pszczół izraelskich (Israeli acute paralysis virus) oraz Varroa destructor. Wśród źródeł bibliograficznych znajdują się prace Massona i in. (2018) dotyczące proteomiki kutykuli owadów oraz Houdeleta i in. (2021) dotyczące proteomiki jelit pszczół miodnych zakażonych Nosema. Opracowali: Arafah, Askri, Voisin i Bulet, 21 czerwca 2022 r.