Zróżnicowanie fenotypowe i loci cech ilościowych odpowiedzialne za odporność na antraknozę południową i zgniliznę koniczyny u koniczyny czerwonej

Koniczyna czerwona (Trifolium pratense L.) jest ważną rośliną strączkową pastewną występującą w regionach o klimacie umiarkowanym, cenioną zwłaszcza ze względu na wysoki potencjał plonowy i wysoką jakość paszy. Pomimo znacznych postępów w hodowli w ciągu ostatnich dziesięcioleci ciągłe ulepszanie odmian ma kluczowe znaczenie dla zapewnienia stabilności plonów w obliczu nowo pojawiających się chorób lub zmieniających się warunków klimatycznych. Duża różnorodność genetyczna występująca w ekotypach, odmianach lokalnych i odmianach uprawnych koniczyny czerwonej stanowi nieocenione, ale często niewykorzystane źródło możliwości ulepszania kluczowych cech, takich jak plon, jakość oraz odporność na stresy biotyczne i abiotyczne. Genotypowanie zbioru 397 akcesji koniczyny czerwonej przeprowadzono przy użyciu metody genotypowania sekwencyjnego na próbkach zbiorczych, z wykorzystaniem 200 roślin na akcesję. Odporność na dwie choroby o największym znaczeniu w uprawie koniczyny czerwonej – antraknozę południową wywoływaną przez Colletotrichum trifolii oraz zgniliznę koniczyny wywoływaną przez Sclerotinia trifoliorum – oceniono za pomocą inokulacji natryskowej. Średni wskaźnik przeżywalności w przypadku antraknozy południowej wyniósł 22,9%, a średni wskaźnik odporności na zgniliznę koniczyny – 34,0%. Analiza asocjacyjna całego genomu ujawniła kilka loci istotnie związanych z odpornością na antraknozę południową i zgniliznę koniczyny. Większość z tych loci znajduje się w regionach kodujących. Jeden locus cechy ilościowej (QTL) na chromosomie 1 wyjaśniał 16,8% zmienności w odporności na antraknozę południową. W przypadku odporności na zgniliznę koniczyny zidentyfikowano osiem QTL, które łącznie wyjaśniają 80,2% całkowitej zmienności fenotypowej. Polimorfizmy SNP związane z tymi QTL stanowią obiecujące źródło informacji dla selekcji wspomaganej markerami w istniejących programach hodowlanych, ułatwiając opracowywanie nowych odmian o zwiększonej odporności na dwie niszczycielskie choroby grzybowe koniczyny czerwonej.