Obliczanie plastyczności fenotypowej korzeni w hodowli roślin uprawnych

W niniejszym dokumencie przedstawiono metodę ilościowego określania plastyczności fenotypowej korzeni przy użyciu wskaźnika względnej odległości plastyczności (RDP1), umożliwiającą hodowcom ocenę zdolności adaptacyjnych cech korzeni w warunkach stresu środowiskowego. Opisano w nim szczegółowo wdrażanie wskaźnika RDP1 za pomocą języka R i środowiska RStudio, w tym wymagane pakiety — tidyverse, agricolae, psych, Plastcity oraz ggradar. Przewodnik zawiera instrukcje krok po kroku dotyczące przygotowania danych z kolumnami dla cechy, środowiska, genotypu i wartości cechy. Funkcja rdp1_matrix oblicza odległości parami, a wskaźnik RDP1 jest obliczany jako średnia tych odległości z błędem standardowym. Wzór wywodzi się z względnych odległości między wartościami cech. Wyniki są przechowywane w ramce danych i wizualizowane za pomocą wykresów pajęczynowych (ggradar) oraz wykresów punktowych w celu porównania plastyczności między genotypami i cechami. Metoda ta wspiera programy hodowlane ukierunkowane na odporność na suszę, upał lub stres żywieniowy, z zastosowaniem zarówno w warunkach laboratoryjnych, jak i polowych.