Enkele voorbeelden van voordelen en beperkingen van marker-gestuurde selectie bij de aardappel

Marker-gestuurde selectie (SAM) is alleen mogelijk als de moleculaire markers gemakkelijk te gebruiken en informatief zijn. Bij de aardappel, een tetraploïde en heterozygote soort, is SAM op dit moment nog vrij weinig ontwikkeld. Onze aanpak bestond enerzijds uit het zoeken naar moleculaire markers die gekoppeld zijn aan relevante kenmerken in diploïde segregatiepopulaties en het testen van de overdraagbaarheid daarvan naar het tetraploïde niveau, en anderzijds reeds gepubliceerde moleculaire markers te testen in verschillende tetraploïde genpoolen. De gekozen modellen waren resistentie tegen plaagorganismen (bladmeeldauw veroorzaakt door Phytophthora infestans, resistentie tegen cysteaaltjes Globodera rostochiensis en G. pallida, resistentie tegen het Y-virus) en het gehalte aan glycoalkaloïden in de knollen. In het geval van eenvoudig genetisch determinisme (zoals bij het Ry-gen dat resistentie tegen het Y-virus van Solanum stoloniferum verleent of het R1-gen voor resistentie tegen bladmeeldauw van S. demissum) konden de gepubliceerde markers in verschillende genetische collecties worden gevalideerd. Voor het H1-gen dat resistentie tegen G. rostochiensis verleent, bleek de op het moment van het project beschikbare marker in ons materiaal niet gekoppeld te zijn aan de resistentie, maar sindsdien zijn andere markers gevalideerd. In het geval van oligogene resistentie, geïllustreerd door de resistentie tegen G. pallida, waarvan de genetische determinatie onder controle staat van twee QTL’s, is de overdraagbaarheid getest van vier markers waarmee de QTL met sterk effect GpaVspl in verschillende tetraploïde genpoolen kan worden gevolgd. Ook zijn twee markers gevalideerd waarmee de QTL met zwak effect GpaXIspl kan worden gevolgd. Alle markers zijn overgedragen aan de professionele partners, die ze nu op verschillende schaalniveaus in hun selectieprogramma’s gebruiken. Voor kenmerken met polygeen determinisme (resistentie tegen bladmeeldauw en glycoalkaloïdengehalte) lijkt het momenteel voorbarig om SAM te overwegen.