Fenotypische variatie en kwantitatieve eigenschapsloci voor resistentie tegen zuidelijke anthracnose en klaverrot bij rode klaver

Rode klaver (Trifolium pratense L.) is een belangrijke voederleguminoso uit gematigde streken, die vooral wordt gewaardeerd om zijn hoge opbrengstpotentieel en zijn hoge voederkwaliteit. Ondanks aanzienlijke vooruitgang op het gebied van veredeling in de afgelopen decennia is voortdurende verbetering van cultivars cruciaal om opbrengststabiliteit te waarborgen in het licht van nieuw opkomende ziekten of veranderende klimatologische omstandigheden. De grote genetische diversiteit die aanwezig is in ecotypes, landrassen en cultivars van rode klaver vormt een onschatbare, maar vaak onbenutte bron voor de verbetering van belangrijke eigenschappen zoals opbrengst, kwaliteit en resistentie tegen biotische en abiotische stressfactoren. Een verzameling van 397 rode klaveraccessies werd genotypeerd met behulp van een ‘pooled genotyping-by-sequencing’-aanpak met 200 planten per accessie. De resistentie tegen de twee meest relevante ziekten in de rodeklaverproductie – zuidelijke anthracnose, veroorzaakt door Colletotrichum trifolii, en klaverrot, veroorzaakt door Sclerotinia trifoliorum – werd beoordeeld door middel van sproeiinoculatie. Het gemiddelde overlevingspercentage voor zuidelijke anthracnose bedroeg 22,9% en de gemiddelde resistentie-index voor klaverrot was 34,0%. Uit genoomwijde associatieanalyses kwamen verschillende loci naar voren die significant geassocieerd waren met resistentie tegen zuidelijke anthracnose en klaverrot. De meeste van deze loci bevinden zich in coderende regio’s. Eén kwantitatieve eigenschapslocus (QTL) op chromosoom 1 verklaarde 16,8% van de variatie in resistentie tegen zuidelijke anthracnose. Voor resistentie tegen klaverrot vonden we acht QTL’s, die samen 80,2% van de totale fenotypische variatie verklaarden. De SNP’s die met deze QTL’s geassocieerd zijn, vormen een veelbelovende bron voor marker-ondersteunde selectie in bestaande veredelingsprogramma’s, wat de ontwikkeling van nieuwe cultivars met verhoogde resistentie tegen twee verwoestende schimmelziekten van rode klaver vergemakkelijkt.