Absolute qPCR-kwantificering van arbusculaire mycorrhiza-schimmels in gewassen

Een gevalideerd qPCR-protocol voor de absolute kwantificering van arbusculaire mycorrhiza-schimmels (AMF) in gewaswortels, dat een betrouwbare analyse met hoge doorvoercapaciteit mogelijk maakt en de kans op waarnemersvertekening vermindert. De methode maakt gebruik van specifieke primers (AMG1 en AM1), een standaardcurve en geoptimaliseerde cyclische omstandigheden voor een nauwkeurige schatting van het aantal genkopieën. De methode is effectief voor tarwe en tomaat, met praktische stappen voor het verzamelen van wortels, DNA-extractie (DNeasy Plant Mini Kit) en het opzetten van qPCR in drievoud. De resultaten voor prei waren niet eenduidig, wat suggereert dat gewasspecifieke validatie nodig is. Een aanvulling op sequencing voor diversiteitsbeoordeling.