Variazione fenotipica e loci dei tratti quantitativi relativi alla resistenza all'antracnosi meridionale e al marciume del trifoglio nel trifoglio rosso

Il trifoglio rosso (Trifolium pratense L.) è un’importante leguminosa foraggera delle regioni temperate, particolarmente apprezzata per il suo elevato potenziale di resa e l’alta qualità del foraggio. Nonostante i notevoli progressi ottenuti nel miglioramento genetico negli ultimi decenni, il continuo miglioramento delle cultivar è fondamentale per garantire la stabilità delle rese, in considerazione delle malattie emergenti o delle mutevoli condizioni climatiche. L’elevata diversità genetica presente negli ecotipi, nelle varietà autoctone e nelle cultivar del trifoglio rosso costituisce una risorsa inestimabile, ma spesso non sfruttata, per il miglioramento di caratteri chiave quali la resa, la qualità e la resistenza agli stress biotici e abiotici. Una collezione di 397 accessioni di trifoglio rosso è stata genotipizzata utilizzando un approccio di genotipizzazione per sequenziamento in pool con 200 piante per accessione. La resistenza alle due malattie più rilevanti nella produzione del trifoglio rosso, l’antracnosi meridionale causata da Colletotrichum trifolii e il marciume del trifoglio causato da Sclerotinia trifoliorum, è stata valutata mediante inoculazione a spruzzo. Il tasso medio di sopravvivenza all’antracnosi meridionale è stato del 22,9% e l’indice medio di resistenza al marciume del trifoglio è stato del 34,0%. L’analisi di associazione genomica ha rivelato diversi loci significativamente associati alla resistenza all’antracnosi meridionale e al marciume del trifoglio. La maggior parte di questi loci si trova nelle regioni codificanti. Un locus di tratto quantitativo (QTL) sul cromosoma 1 spiegava il 16,8% della variazione nella resistenza all’antracnosi meridionale. Per la resistenza al marciume del trifoglio abbiamo individuato otto QTL, che insieme spiegano l’80,2% della variazione fenotipica totale. Gli SNP associati a questi QTL costituiscono una risorsa promettente per la selezione assistita da marcatori nei programmi di miglioramento genetico esistenti, facilitando lo sviluppo di nuove cultivar con maggiore resistenza contro due devastanti malattie fungine del trifoglio rosso.