Fenotypisk variation och kvantitativa egenskapsloci för resistens mot sydlig antraknos och klöverröta hos rödklöver

Rödklöver (Trifolium pratense L.) är en viktig foderväxt i tempererade områden, som särskilt uppskattas för sin höga avkastningspotential och höga foderkvalitet. Trots betydande framsteg inom förädlingen under de senaste decennierna är en kontinuerlig förbättring av sorterna avgörande för att säkerställa en stabil avkastning med tanke på nya sjukdomar och förändrade klimatförhållanden. Den stora genetiska mångfalden hos rödklövers ekotyper, landraser och sorter utgör en ovärderlig, men ofta outnyttjad, resurs för förbättring av viktiga egenskaper såsom avkastning, kvalitet och motståndskraft mot biotisk och abiotisk stress. En samling bestående av 397 rödklöveraccessioner genotypades med hjälp av en sammanslagen genotypningsmetod baserad på sekvensering, med 200 växter per accession. Resistensen mot de två sjukdomar som är mest relevanta för rödklöverproduktionen – sydlig antraknos orsakad av Colletotrichum trifolii och klöverröta orsakad av Sclerotinia trifoliorum – bedömdes med hjälp av sprutinkokulation. Den genomsnittliga överlevnadsgraden för sydlig antraknos var 22,9 % och det genomsnittliga resistensindexet för klöverröta var 34,0 %. En genomomfattande associationsanalys avslöjade flera loci som var signifikant associerade med resistens mot sydlig antraknos och klöverröta. De flesta av dessa loci finns i kodande regioner. En kvantitativ egenskapslokus (QTL) på kromosom 1 förklarade 16,8 % av variationen i resistens mot sydlig antraknos. För resistens mot klöverröta fann vi åtta QTL, som tillsammans förklarade 80,2 % av den totala fenotypiska variationen. De SNP:er som är associerade med dessa QTL utgör en lovande resurs för markörassisterad selektion i befintliga förädlingsprogram, vilket underlättar utvecklingen av nya sorter med ökad resistens mot två förödande svampsjukdomar hos rödklöver.