Beräkning av fenotypisk plasticitet hos rötter för växtförädling

Detta dokument beskriver en metod för att kvantifiera fenotypisk plasticitet hos rötter med hjälp av Relative Distance Plasticity Index (RDP1), vilket gör det möjligt för förädlare att bedöma anpassningsförmågan hos rotens egenskaper under miljömässig stress. Det beskriver i detalj hur RDP1 implementeras med hjälp av R och RStudio, inklusive nödvändiga paket – tidyverse, agricolae, psych, Plastcity och ggradar. Guiden ger steg-för-steg-instruktioner för datapreparering med kolumner för egenskap, miljö, genotyp och egenskapsvärde. Funktionen rdp1_matrix beräknar parvisa avstånd, och RDP1 beräknas som medelvärdet av dessa avstånd med standardfel. Formeln härleds från relativa avstånd mellan egenskapsvärden. Resultaten lagras i en dataram och visualiseras med hjälp av spindeldiagram (ggradar) och punktdiagram för att jämföra plasticitet mellan genotyper och egenskaper. Metoden stöder avelsprogram som riktar sig mot motståndskraft mot torka, värme eller näringsstress, med tillämpningar både under laboratorie- och fältförhållanden.