Plasticiteta korenin v nadzorovanih vlažnostnih pogojih: metode in postavitev

Plasticiteto korenin v odzivu na razpoložljivost vode preučujemo z uporabo rentgenske tomografije (CT), programa WinRHIZO ter transkriptomike in metabolomike v nadzorovanih pogojih. Večmetodni pristop omogoča analizo 3D-arhitekture koreninskega sistema, kvantifikacijo velikosti in premera korenin, profiliranje genske ekspresije ter metabolno fenotipizacijo. Uporabljajo se stebri iz akrilnega stekla (premer 5–7 cm, višina 25 cm), napolnjeni z presejano prstjo in opremljeni z mrežo z 30 µm mrežnimi očesi, s kapilarno namakanje in gojenjem v klimatski komori (12 m³). CT-skeniranje se izvaja ponoči, da se ne moti fotosinteza. Vzorci za transkriptomiko in metabolomiko se zbirajo v 24 urah po skeniranju. Kolone s tlemi so zavite v aluminijasto folijo, da se omeji izpostavljenost svetlobi in rast alg. Metoda je primerna za mineralna tla in temelji na rentgenski CT, WinRHIZO in klimatskih komorah. Slika 1 prikazuje razvoj korenin koruze v peščeni prsti v obdobju 21 dni z ločljivostjo 45 µm, s segmentacijo z uporabo Root2Res2 in vizualizacijo v VcStudio Max.