Výpočet fenotypovej plasticity koreňov pre šľachtenie plodín

Tento dokument predstavuje metódu kvantifikácie fenotypovej plasticity koreňov pomocou indexu relatívnej vzdialenosti a plasticity (RDP1), ktorá chovateľom umožňuje posúdiť adaptabilitu vlastností koreňov v podmienkach environmentálneho stresu. Podrobne popisuje implementáciu RDP1 prostredníctvom R a RStudio, vrátane potrebných balíkov – tidyverse, agricolae, psych, Plastcity a ggradar. Príručka poskytuje podrobné pokyny na prípravu údajov so stĺpcami pre vlastnosť, prostredie, genotyp a hodnotu vlastnosti. Funkcia rdp1_matrix vypočíta párové vzdialenosti a RDP1 sa vypočíta ako priemer týchto vzdialeností so štandardnou chybou. Vzorec je odvodený z relatívnych vzdialeností medzi hodnotami vlastností. Výsledky sa ukladajú do dátového rámca a vizualizujú sa pomocou pavúčích grafov (ggradar) a bodových grafov na porovnanie plasticity medzi genotypmi a znakmi. Metóda podporuje šľachtiteľské programy zamerané na odolnosť voči suchu, teplu alebo nutričnému stresu, s aplikáciami v laboratórnych aj poľných podmienkach.