Plasticita koreňov v kontrolovaných vodných podmienkach: Metódy a usporiadanie

Plasticita koreňov v reakcii na dostupnosť vody sa skúma pomocou röntgenovej počítačovej tomografie (CT), softvéru WinRHIZO, transkriptomiky a metabolomiky v kontrolovaných podmienkach. Kombinácia viacerých metód umožňuje analýzu 3D architektúry koreňového systému, kvantifikáciu veľkosti a priemeru koreňov, profilovanie génovej expresie a metabolické fenotypovanie. Používajú sa akrylové sklenené stĺpce (priemer 5–7 cm, výška 25 cm) naplnené preosiatou pôdou a vybavené sieťkou s okami 30 µm, s kapilárnym zavlažovaním a pestovaním v klimatickom komore (12 m³). CT skeny sa vykonávajú počas nočnej fázy, aby sa zabránilo narušeniu fotosyntézy. Vzorky pre transkriptomiku a metabolomiku sa zbierajú počas 24 hodín po skenovaní. Pôdne kolóny sú zabalené do hliníkovej fólie, aby sa obmedzilo vystavenie svetlu a rast rias. Metóda je vhodná pre minerálne pôdy a využíva röntgenovú CT, WinRHIZO a klimatické komory. Obrázok 1 ukazuje vývoj koreňov kukurice v piesočnatej pôde počas 21 dní pri rozlíšení 45 µm, so segmentáciou pomocou Root2Res2 a vizualizáciou vo VcStudio Max.