Quelques exemples d’intérêts et de limites de la sélection assistée par marqueurs chez la pomme de terre

La sélection assistée par marqueurs (SAM) n’est possible que si les marqueurs moléculaires sont facilement utilisables et informatifs. Chez la pomme de terre, espèce tétraploïde et hétérozygote, la SAM est encore assez peu développée pour le moment. Notre démarche a été, d’une part, de rechercher des marqueurs moléculaires liés à des caractères d’intérêt à partir de populations diploïdes en ségrégation et de tester leur transférabilité au niveau tétraploïde et, d’autre part, de tester des marqueurs moléculaires déjà publiés dans des fonds génétiques tétraploïdes différents. Les modèles retenus étaient la résistance aux bioagresseurs (le mildiou du feuillage causé par Phytophthora infestans, la résistance aux nématodes à kyste Globodera rostochiensis et G. pallida, la résistance au virus Y) et la teneur en glycoalcaloïdes des tubercules. Dans le cas d’un déterminisme génétique simple (cas du gène Ry conférant la résistance au virus Y issu de Solanum stoloniferum ou du gène R1 de résistance au mildiou issu de S. demissum), les marqueurs publiés ont pu être validés dans différents fonds génétiques. Pour le gène H1 conférant la résistance à G. rostochiensis, le marqueur disponible au moment du projet s’est avéré ne pas être lié à la résistance dans notre matériel mais d’autres marqueurs ont été validés depuis. Dans le cas d’une résistance oligogénique, illustrée par la résistance à G. pallida dont le déterminisme génétique est sous le contrôle de 2 QTL, la portabilité de 4 marqueurs permettant de suivre le QTL à effet fort GpaVspl dans différents fonds génétiques tétraploïdes a été testée. Deux marqueurs permettant de suivre le QTL à effet faible GpaXIspl ont également été validés. L’ensemble des marqueurs a été transféré aux partenaires professionnels qui les utilisent désormais à des échelles différentes dans leurs schémas de sélection. Pour les caractères à déterminisme polygénique (résistance au mildiou du feuillage et teneur en glycoalcaloïdes), il semble actuellement prématuré d’envisager la SAM.