Variation phénotypique et loci de caractères quantitatifs liés à la résistance à l'anthracnose méridionale et à la pourriture du trèfle chez le trèfle rouge

Le trèfle rouge (Trifolium pratense L.) est une légumineuse fourragère importante des régions tempérées, particulièrement appréciée pour son fort potentiel de rendement et la grande qualité de son fourrage. Malgré les progrès considérables réalisés en matière de sélection au cours des dernières décennies, l’amélioration continue des cultivars est essentielle pour garantir la stabilité des rendements face à l’apparition de nouvelles maladies ou à l’évolution des conditions climatiques. La grande diversité génétique présente dans les écotypes, les variétés locales et les cultivars de trèfle rouge constitue une ressource inestimable, mais souvent inexploitée, pour l’amélioration de caractères clés tels que le rendement, la qualité et la résistance aux stress biotiques et abiotiques. Une collection de 397 accessions de trèfle rouge a été génotypée à l’aide d’une approche de génotypage par séquençage groupé, avec 200 plantes par accession. La résistance aux deux maladies les plus pertinentes pour la production de trèfle rouge, l’anthracnose du sud causée par Colletotrichum trifolii, et la pourriture du trèfle causée par Sclerotinia trifoliorum, a été évaluée par inoculation par pulvérisation. Le taux de survie moyen face à l’anthracnose du sud était de 22,9 % et l’indice de résistance moyen face à la pourriture du trèfle était de 34,0 %. Une analyse d’association pangénomique a révélé plusieurs loci significativement associés à la résistance à l’anthracnose du sud et à la pourriture du trèfle. La plupart de ces loci se situent dans des régions codantes. Un locus de caractère quantitatif (QTL) situé sur le chromosome 1 expliquait 16,8 % de la variation de la résistance à l’anthracnose du sud. Pour la résistance à la pourriture du trèfle, nous avons identifié huit QTL, expliquant ensemble 80,2 % de la variation phénotypique totale. Les SNP associés à ces QTL constituent une ressource prometteuse pour la sélection assistée par marqueurs dans les programmes de sélection existants, facilitant ainsi le développement de nouveaux cultivars présentant une résistance accrue contre ces deux maladies fongiques dévastatrices du trèfle rouge.