Rapport final POP3 Agricorder Friesland : Rapport technique final

Dans le cadre de ce projet, des tests basés sur la méthode LAMP ont été mis au point et validés pour la détection rapide de *Pectobacterium carotovorum* subsp. *brasiliense* et de *Pectobacterium parmentieri* dans les cultures de pommes de terre. Des paires d’amorces ont été conçues à l’aide d’une analyse BLAST afin de garantir leur spécificité, leur performance dépendant de la concentration en ADN. La lyse des échantillons en laboratoire a entraîné une dégradation de l’ADN pendant le transport, soulignant la nécessité d’une lyse sur place pour préserver l’intégrité des échantillons. Les contrôles positifs ont confirmé la fonctionnalité du test, mais la variabilité des signaux de fluorescence a mis en évidence des difficultés liées aux faibles concentrations d’ADN ou à la sensibilité des amorces. Le papier FTA a été testé pour la conservation des échantillons, mais n’a pas donné de résultats concluants. Les recommandations incluent l’optimisation des jeux d’amorces et l’élaboration de protocoles de lyse sur site fiables afin d’améliorer la précision de la détection sur le terrain.