Muutamia esimerkkejä markkereiden avulla tehdyn valinnan eduista ja rajoituksista perunan viljelyssä

Markkereiden avulla tapahtuva valinta (SAM) on mahdollista vain, jos molekyylimarkkerit ovat helppokäyttöisiä ja informatiivisia. Perunassa, joka on tetraploidi ja heterotsygootti, SAM on toistaiseksi vielä melko kehittymätöntä. Lähestymistapamme oli toisaalta etsiä kiinnostavista ominaisuuksista riippuvia molekyylimarkkereita segregoituvista diploidisista populaatioista ja testata niiden siirrettävyyttä tetraploiditasolle sekä toisaalta testata jo julkaistuja molekyylimarkkereita erilaisissa tetraploidisissa geenipankkeissa. Valituiksi malleiksi valittiin vastustuskyky tuholaisille (Phytophthora infestansin aiheuttama lehtihome, vastustuskyky kystanematodeille Globodera rostochiensis ja G. pallida sekä vastustuskyky Y-virukselle) sekä mukuloiden glykoalkaloidipitoisuus. Yksinkertaisen geneettisen determinismin tapauksessa (kuten Solanum stoloniferumista peräisin olevan Y-viruksen vastustuskyvyn antavan Ry-geenin tai S. demissumista peräisin olevan lehtilaikkutaudin vastustuskyvyn antavan R1-geenin tapauksessa) julkaistut markkerit voitiin validoida eri geenipankkeissa. G. rostochiensis -kestävyyttä antavan H1-geenin osalta projektin aikana käytettävissä ollut markkeri osoittautui olevan yhteydessä kestävyyteen tutkimusaineistossamme, mutta sittemmin on validoitu muita markkereita. Oligogeenisen resistenssin tapauksessa, jota edustaa G. pallida -resistenssi, jonka geneettinen määräytyminen on kahden QTL:n hallinnassa, testattiin neljän markkerin siirrettävyyttä, joiden avulla voidaan seurata voimakkaan vaikutuksen omaavaa GpaVspl-QTL:ää eri tetraploidisissa geenipankkeissa. Myös kaksi markkeria, joiden avulla voidaan seurata heikkovaltaista GpaXIspl-QTL:ää, on validoitu. Kaikki markkerit on siirretty alan yhteistyökumppaneille, jotka käyttävät niitä nyt eri mittakaavoissa jalostusohjelmissaan. Monigeenisesti määräytyvien ominaisuuksien (lehtihomeenkestävyys ja glykoalkaloidipitoisuus) osalta näyttää tällä hetkellä ennenaikaiselta harkita SAM-menetelmää.