Juuren fenotyyppisen plastisuuden laskeminen kasvinjalostuksessa

Tässä asiakirjassa esitellään menetelmä juurien fenotyyppisen plastisuuden kvantifioimiseksi suhteellisen etäisyysplastisuusindeksin (RDP1) avulla, jonka avulla jalostajat voivat arvioida juurien ominaisuuksien sopeutumiskykyä ympäristöstressin olosuhteissa. Siinä kuvataan yksityiskohtaisesti RDP1:n käyttöönotto R-kielellä ja RStudio-ohjelmistolla, mukaan lukien tarvittavat paketit: tidyverse, agricolae, psych, Plastcity ja ggradar. Opas sisältää vaiheittaiset ohjeet tietojen valmisteluun, jossa on sarakkeet ominaisuuksille, ympäristölle, genotyypille ja ominaisuusarvoille. rdp1_matrix-funktio laskee pareittaiset etäisyydet, ja RDP1 lasketaan näiden etäisyyksien keskiarvona standardipoikkeamalla. Kaava johdetaan ominaisuusarvojen välisistä suhteellisista etäisyyksistä. Tulokset tallennetaan dataframeen ja visualisoidaan hämähäkkikaavioilla (ggradar) ja pistekaavioilla, jotta voidaan verrata plastisuutta genotyyppien ja ominaisuuksien välillä. Menetelmä tukee jalostusohjelmia, jotka kohdistuvat kuivuuden, kuumuuden tai ravinnestressin sietokykyyn, ja sitä voidaan soveltaa sekä laboratorio- että kenttäolosuhteissa.