Kartta CaLsol-haplotyyppien maantieteellisestä levinneisyydestä Euroopassa

’Candidatus Liberibacter solanacearum’ (Lso) on löydetty useista tärkeistä viljelykasveista, jotka kuuluvat Solanaceae-heimoon (peruna, tomaatti, paprika ja tupakka) Amerikassa ja Uudessa-Seelannissa sekä Apiaceae-heimoon (porkkana, selleri, persilja ja palsternakka) Euroopassa. Fylogenettinen analyysi, jossa käytettiin yhdistelmää 16S rRNA-, 16S-23S rRNA-geenien välistä spacer-aluetta (ISR) ja 50S-ribosomaalisen proteiinin geenisekvenssejä, paljasti, että eri maantieteellisiltä alueilta löydetyt Lso-bakteerit olivat monimuotoisia ja voitiin luokitella viiteen erilliseen kladiin: haplotyyppi A, B, C, D tai E (Nelson et al., 2011; Teresani ym., 2014). Lso-haplotyypit A ja B, jotka liittyvät perunan Zebra chip -tautiin (Secor ym., 2009) ja joita välittää psyllidi Bactericera cockerelli, eivät esiinny Euroopassa. Sen sijaan Lso-haplotyyppi C (LsoC) liittyy porkkanan kellastumistautiin Pohjois-Euroopassa, jossa sitä levittää porkkanapsyllidi Trioza apicalis, aiheuttaen vakavia satohäviöitä porkkanoissa bakteeri-infektioiden ja psyllidin syömävaurioiden yhteisvaikutusten vuoksi (Munyaneza et al., 2010; Munyaneza ym., 2011; Nissinen ym., 2014). LsoC:n on raportoitu tartuttavan porkkanoita myös Ruotsissa, Norjassa ja Saksassa (Munyaneza ym., 2010, Munyaneza ym., 2012a; Munyaneza ym., 2012b). Etelä-Euroopassa Lso-haplotyyppien D ja E (LsoD ja LsoE, vastaavasti) on raportoitu tartuttavan porkkanaa, selleriä, palsternakkaa ja persiljaa, ja niitä levittää psyllid Bactericera trigonica (Alfaro-Fernandez ym., 2012; Nelson ym., 2013; Teresani ym., 2014; Alfaro-Fernandez ym., 2017; Antolinez ym., 2017). Vaikka Lso:ta on havaittu Ranskassa, haplotyyppien karakterisointi ja niiden levinneisyys ovat vielä selvittämättä. Siksi tämän tutkimuksen, joka toteutettiin projektin tehtävän 3b puitteissa, päätavoitteena oli parantaa tietämystä Lso-haplotyyppien levinneisyydestä Euroopassa.