Reaalajas RT-PCR-meetodi väljatöötamine viinapuu lehekeerumise viirusega (Grapevine leafroll-associated virus-2) laiaulatuslikuks tuvastamiseks viinapuudel

GLRaV-2, mis kuulub Closteroviridae sugukonna Closterovirus perekonda, on üks viiest viirusliigist, mis on seotud viinapuu viirusliku kerimishaigusega. See koosneb kuuest molekulaarsest variandist, mille nukleotiidide erinevus ulatub kuni 30%ni. GLRaV-2 tuvastamiseks reaalajas RT-PCR-meetodil oli vaja välja töötada spetsiifilised ja universaalsed praimerid, mis sobiksid kõigi nende erinevate variantidega. Seda tuvastusmeetodit valideeriti rahvusvahelisel 85 viinamarjaproovi paneelil, millest 10 olid ELISA-meetodil negatiivsed, kuid uue meetodi abil positiivsed. Täheldati, et reaalajas RT-PCR-meetodi tundlikkus on 125 korda suurem kui klassikalise RT-PCR-meetodi puhul, ning selle rakendamine GLRaV-2 tuvastamiseks pookialustel näitas selle ülekaalu eelkõige juurte tasandil.