BOMDBase-1.0: Peptid- og proteindatabase om humlebier til forskning i biernes sundhed

BOMDBase-1.0 er en omfattende peptid- og proteindatabase for humlebier, udviklet som led i PoshBee-projektet (EU-tilskudsnr. 773921). Den indeholder 1.042 proteiner fra Bombus-arter, herunder 646 fra Bombus terrestris, som stammer fra hæmolymfeprøver analyseret ved hjælp af bottom-up-proteomik med Sequest HT i Proteome Discoverer 2.5. Databasen omfatter 1.353 accessionsnumre med detaljerede annoteringer: art, molekylvægt, isoelektrisk punkt, gensymboler, Entrez-ID'er, Pfam-domæner samt GO-termer for biologiske processer, cellulære komponenter og molekylære funktioner. De identificerede proteiner omfatter både hypotetiske og ukarakteriserede proteiner. Arbejdsgangen anvender trypsinfordøjelse, en massetolerance på 10 ppm samt cysteinpyrolyse-ethylering med en falsk positiv-rate på 1 %. Den integrerer data fra NCBI og UniProt. Databasen understøtter forskning i landbrugskemikalier, patogener og stressfaktorer, der påvirker biernes sundhed. Blandt de vigtigste patogener er Deformed Wing Virus, Israeli Acute Paralysis Virus og Varroa destructor. Referencer omfatter Masson et al. (2018) om proteomik i insektkutikula og Houdelet et al. (2021) om proteomik i tarmen hos Nosema-inficerede honningbier. Udarbejdet af Arafah, Askri, Voisin og Bulet den 21. juni 2022.