Výpočet fenotypové plasticity kořenů pro šlechtění plodin

Tento dokument představuje metodu kvantifikace fenotypové plasticity kořenů pomocí indexu relativní vzdálenosti a plasticity (RDP1), která chovatelům umožňuje posoudit přizpůsobivost kořenových znaků v podmínkách environmentálního stresu. Podrobně popisuje implementaci RDP1 v prostředí R a RStudio, včetně potřebných balíčků – tidyverse, agricolae, psych, Plastcity a ggradar. Průvodce poskytuje podrobné pokyny pro přípravu dat se sloupci pro znak, prostředí, genotyp a hodnotu znaku. Funkce rdp1_matrix vypočítává párové vzdálenosti a RDP1 se počítá jako průměr těchto vzdáleností se standardní chybou. Vzorec je odvozen z relativních vzdáleností mezi hodnotami znaků. Výsledky jsou uloženy v datovém rámci a vizualizovány pomocí pavoučích grafů (ggradar) a bodových grafů pro porovnání plasticity napříč genotypy a znaky. Metoda podporuje šlechtitelské programy zaměřené na odolnost vůči suchu, teplu nebo nutričnímu stresu, s aplikacemi jak v laboratorních, tak v polních podmínkách.