CaLsol haplotipu ģeogrāfiskā izplatība Eiropā

‘Candidatus Liberibacter solanacearum’ (Lso) ir konstatēts vairākos nozīmīgos kultūraugos, kas pieder pie nakteņu dzimtas (Solanaceae) (kartupeļi, tomāti, paprika un tabaka) Amerikā un Jaunzēlandē, kā arī pie pūķu dzimtas (Apiaceae) (burkāni, selerijas, pētersīļi un pastinaki) Eiropā. Filogenētiskā analīze, izmantojot 16S rRNA, 16S-23S rRNA intergēniskā spacer reģiona (ISR) un 50S ribosomālās proteīna gēna sekvenču kombināciju, atklāja, ka Lso baktērijas, kas atrastas dažādos ģeogrāfiskos reģionos, bija daudzveidīgas un varēja tikt iedalītas piecās atsevišķās kladēs: haplotips A, B, C, D vai E (Nelson et al., 2011; Teresani et al., 2014). Lso haplotipi A un B, kas saistīti ar kartupeļu zebra čipa slimību (Secor et al., 2009) un ko pārnēsā psilīds Bactericera cockerelli, Eiropā nesastopami. Savukārt Lso haplotips C (LsoC) ir saistīts ar burkānu dzeltenošanās slimību Ziemeļeiropā, kur to pārnēsā burkānu psilīds Trioza apicalis, izraisot smagus burkānu ražas zaudējumus sakarā ar baktēriju infekciju un psilīdu barošanās radīto bojājumu vienlaicīgo ietekmi (Munyaneza et al., 2010; Munyaneza et al., 2011; Nissinen et al., 2014). Ir ziņots, ka LsoC inficē burkānus arī Zviedrijā, Norvēģijā un Vācijā (Munyaneza et al., 2010, Munyaneza et al., 2012a; Munyaneza et al., 2012b). Dienvidu Eiropā ir ziņots, ka Lso haplotipi D un E (attiecīgi LsoD un LsoE) inficē burkānus, selerijas, pastinakus un pētersīļus un tos pārnēsā psilīds Bactericera trigonica (Alfaro-Fernandez et al., 2012; Nelson et al., 2013; Teresani et al., 2014; Alfaro-Fernandez et al., 2017; Antolinez et al., 2017). Lai gan Lso ir konstatēts Francijā, haplotipu raksturojums un to izplatība joprojām ir jānosaka. Tādējādi šī pētījuma galvenais mērķis, kas izstrādāts projekta 3.b uzdevuma ietvaros, bija uzlabot zināšanas par Lso haplotipu izplatību Eiropā.