DINeR: datu bāze kukaiņu neiropeptīdu pētniecībai

Neiropeptīdi ir atbildīgi par dažādu funkciju regulēšanu, tostarp attīstību, vielmaiņu, ūdens un jonu homeostāzi, kā arī darbojas kā neiro-modulatori centrālās nervu sistēmas neiroloģiskajos tīklos. Ir identificēti un raksturoti daudzi neiropeptīdi. Tomēr gan neiropeptīdu atklāšana, gan to funkcionālā raksturošana plašajā kukaiņu klasē ir bijusi sporādiska. Lai izmantotu postgenomisko tehnoloģiju sasniegumus šajā strauji augošajā jomā, kukaiņu neiroendokrinoloģijai ir nepieciešams konsolidēts, visaptverošs un standartizēts resurss neiropeptīdu informācijas pārvaldībai. Datubāze kukaiņu neiropeptīdu pētniecībai (DINeR) ir tīmeklī bāzēta datubāzes lietojumprogramma, ko izmanto dažādu kukaiņu sugu neiropeptīdu informācijas meklēšanai un iegūšanai, detalizēti aprakstot to izoformu sekvences, fizioloģisko funkcionalitāti un attēlus par to receptoru saistīšanās vietām intuitīvā, pieejamā un lietotājam draudzīgā formātā. Kuratoru atlasītie dati ietver 50 labi aprakstītu neiropeptīdu ģimeņu pārstāvjus no vairāk nekā 400 dažādām kukaiņu sugām. Pamatojoties uz publicēto literatūru, ir reģistrētas aptuveni 4700 FASTA formātā sagatavotas neiropeptīdu izoformu aminoskābju sekvences un vairāk nekā 200 ieraksti par fizioloģisko funkcionalitāti. Pieejami ir arī attēli ar neiropeptīdu receptoru atrašanās vietām. Turklāt dati ietver visaptverošus kopsavilkumus par katru neiropeptīdu ģimeni, tostarp to funkciju, atrašanās vietu, zināmo funkcionalitāti, kā arī kladogrammas, sekvenču salīdzinājumus un logotipus, kas aptver lielāko daļu kukaiņu kārtu. Turklāt mēs esam pieņēmuši standartizētu nomenklatūru, lai risinātu neiropeptīdu klasifikācijas nesaskaņotības problēmu.