Šaknų fenotipinio plastiškumo apskaičiavimas augalų selekcijoje

Šiame dokumente pateikiamas metodas, leidžiantis kiekybiškai įvertinti šaknų fenotipinį plastiškumą naudojant santykinio atstumo plastiškumo indeksą (RDP1), kuris selekcininkams suteikia galimybę įvertinti šaknų požymių prisitaikymą prie aplinkos streso sąlygų. Jame išsamiai aprašoma, kaip taikyti RDP1 naudojant R ir RStudio, įskaitant reikalingus paketus: tidyverse, agricolae, psych, Plastcity ir ggradar. Vadove pateikiamos išsamios instrukcijos, kaip paruošti duomenis su stulpeliais, skirtais požymiams, aplinkai, genotipui ir požymio vertei. Funkcija „rdp1_matrix“ apskaičiuoja porinius atstumus, o RDP1 apskaičiuojamas kaip šių atstumų vidurkis su standartine paklaida. Formulė išvedama iš santykinių atstumų tarp požymių verčių. Rezultatai saugomi duomenų rėmelyje ir vizualizuojami naudojant voratinklio diagramas (ggradar) ir taškų diagramas, kad būtų galima palyginti genotipų ir požymių plastiškumą. Šis metodas tinka veisimo programoms, skirtoms atsparumui sausrai, karščiui ar maistinių medžiagų trūkumui, ir gali būti taikomas tiek laboratorinėmis, tiek lauko sąlygomis.