Variación fenotípica y loci de rasgos cuantitativos relacionados con la resistencia a la antracnosis del sur y a la pudrición del trébol en el trébol rojo

El trébol rojo (Trifolium pratense L.) es una leguminosa forrajera importante en las regiones templadas, especialmente apreciada por su elevado potencial de rendimiento y la alta calidad de su forraje. A pesar de los importantes avances en el fitomejoramiento durante las últimas décadas, la mejora continua de los cultivares es fundamental para garantizar la estabilidad del rendimiento ante la aparición de nuevas enfermedades o las condiciones climáticas cambiantes. La elevada diversidad genética presente en los ecotipos, variedades locales y cultivares del trébol rojo constituye un recurso inestimable, aunque a menudo sin explotar, para la mejora de rasgos clave como el rendimiento, la calidad y la resistencia a los estreses bióticos y abióticos. Se genotipificó una colección de 397 accesiones de trébol rojo mediante un enfoque de genotipado por secuenciación agrupado, con 200 plantas por accesión. La resistencia a las dos enfermedades más relevantes en la producción de trébol rojo —la antracnosis del sur, causada por Colletotrichum trifolii, y la pudrición del trébol, causada por Sclerotinia trifoliorum— se evaluó mediante inoculación por pulverización. La tasa media de supervivencia frente a la antracnosis del sur fue del 22,9 % y el índice medio de resistencia frente a la pudrición del trébol fue del 34,0 %. El análisis de asociación de todo el genoma reveló varios loci significativamente asociados con la resistencia a la antracnosis del sur y a la pudrición del trébol. La mayoría de estos loci se encuentran en regiones codificantes. Un locus de rasgo cuantitativo (QTL) en el cromosoma 1 explicaba el 16,8 % de la variación en la resistencia a la antracnosis del sur. En cuanto a la resistencia a la pudrición del trébol, se identificaron ocho QTL que, en conjunto, explicaban el 80,2 % de la variación fenotípica total. Los SNP asociados a estos QTL constituyen un recurso prometedor para la selección asistida por marcadores en los programas de mejora genética existentes, lo que facilita el desarrollo de nuevos cultivares con mayor resistencia frente a dos enfermedades fúngicas devastadoras del trébol rojo.